Le patologie che colpiscono l´apparato genitale maschile possono portare ad ipofertilità o infertilità, ma se vengono diagnosticate precocemente possono essere spesso trattate con successo. Pertanto è consigliabile sottoporre regolarmente il maschio da riproduzione ad una visita specialistica, che si articola nella valutazione clinica ed ecografica dell´intero apparato genitale (pene, prepuzio, scroto, testicoli e prostata) e, quando necessario, nell´esecuzione del tampone prepuziale per la valutazione di alterazioni della normale flora microbica. Inoltre in corso di visita andrologica viene eseguito anche l´esame del seme completo.
Questo esame è di fondamentale importanza per la valutazione della fertilità del maschio. L´esame del seme non deve limitarsi alla valutazione della sola motilità spermatica. Infatti l´eiaculato, diviso nelle tre frazioni, viene sottoposto a valutazioni specifiche per le sue caratteristiche fisiche (volume, aspetto, colore, pH, ecc) e della frazione ricca di spermatozoi viene fatta un´analisi che considera, oltre alla motilit´ spermatica, la concentrazione spermatica, la morfologia, la vitalità, la presenza di agglutinazione, ed altro. Solo l´esame del seme completo può dare una risposta ad eventuali alterazioni della fertilità.
Le tecniche di conservazione del seme sono indicate quando la femmina vive lontana dal maschio e non c´è possibilità di spostare gli animali. Una volta prelevato il seme è sottoposto a trattamenti, diversi per la refrigerazione e per il congelamento, che lo rendono resistente all´abbassamento della temperatura. Il seme refrigerato è mantenuto alla temperatura di +4°/+5°C e ha una sopravvivenza di circa 5 giorni, quindi deve essere preparato e utilizzato quando la femmina prescelta è prossima al periodo di massima fertilità. Per questa durata limitata è molto adatto per le spedizioni a corto-medio raggio (consegna entro 2-3 giorni dalla spedizione come per Europa e Stati Uniti). Il seme congelato, mantenuto in azoto liquido ad una temperatura di -196°C, invece ha una lunghissima durata (anni) e quindi è adatto nei casi in cui si vuole stoccare del materiale di soggetti di alto valore genetico anche non avendo a disposizione una femmina adatta al momento della raccolta oppure in caso di spedizioni a lungo raggio (consegna oltre 6 giorni dalla spedizione come per Australia, Giappone, ecc.). Soprattutto nel caso di spedizione del seme congelato è necessario attivare il procedimento con largo anticipo (almeno 6 mesi) per ottenere tutti i documenti necessari alla spedizione dello stesso.
Nel caso in cui lo stallone abbia ripetutamente fallito delle monte o nel caso in cui le cucciolate sono state scarse è buona norma effettuare una visita specialistica completa per identificare le cause di ipo o infertilità. Questa consiste nella visita clinica, esame ecografico, esame del seme completo, esami di laboratorio (analisi del sangue, urine, test ormonali, ecc.) e altre eventuali indagini.
La chirurgia dell´apparato genitale maschile comprende procedure volte alla risoluzione delle malformazioni (persistenza del frenulo, ecc) e di patologie (cisti prostatiche di grosse dimensioni, criptorchidismo monolaterale o bilaterale). Quando possibile queste chirurgie sono accompagnate da un approccio conservativo, volto a mantenere la capacità riproduttiva del soggetto.